태종은 중앙행정기구를 의정부와 6조로 통합하고 속아문제도(屬衙門制度)를 실시하여 관아를 모두 6조에 소속시켜 6조직계제(六曹直啓制)를 시행하고, 사간원을 독립시켰다. 사병을 완전히 혁파하고 군정체제를 정비했으며 지방군도 강화하여 영진군(營鎭軍)과 수성군(守城軍)을 정비했다.

태종은 수군을 증설하였고 병선 건조와 개조에도 힘을 기울여 거북선을 만들었다. 양반·유생·노비 등을 망라하는 잡색군(雜色軍)을 조직하여 총동원체제를 이루었고 1418년 왜구의 소굴인 대마도(對馬島)원정을 단행했다.

1405년 전국의 토지를 다시 양전(量田)하여 120만 결의 토지를 확보했다. 또 사전(私田)에 대한 국가의 지배를 강화하여 공신전에도 1/10의 세를 내게 했으며, 공신전의 전수를 제한하고 수신전·휼양전의 액수를 감했다.

서울의 시전제도도 정비하고 상공세(商工稅)·공랑세(公廊稅) 등 세제를 마련했으며 곡식의 보존을 위해 창고제도와 보관규정을 마련하고, 조운(漕運)의 피해를 줄이기 위해 한때 육운(陸運)을 장려했다.

호적과 군적을 정비하고 호패법과 인보법을 제정했으며 유교적 사회질서의 정착을 위해 가례를 보급하고 문묘를 중건하고 예제와 조관복제(朝冠服制)를 정비했다.

억불책을 강화하여 1406년 사원혁파를 단행하고 이로써 얻어진 노비와 전토를 국고에 환속시켰다. 성균관과 5부학당(五部學堂)에 대한 지원을 강화하고, 세자도 성균관에 입학하게 함으로써 성균관의 위상을 높였다. 과거 고강법(考講法)을 사장을 중시하는 제술로 바꾸고, 폐단이던 좌주문생제(座主門生制)를 혁파했다.

1403년 주자소를 설치하여 계미자(癸未字)를 주조했으며 1413년 즉위 이후의 개혁사업을 총괄하여 경제육전을 재편찬, 원집상절(元集詳節)과 속집상절(續集詳節) 2권을 완성했다. 1414년 정도전이 편찬한 고려사를 하륜을 시켜 개찬하게 했으며, 권근·하륜에게 삼국사를 편찬하게 했다.