흥선대원군은 1864년 비변사의 기구를 축소하여 군국사무(軍國事務)만을 관장하게 하고 의정부가 정부의 모든 사무를 주관하게 하고 이듬해 3월 정부와 비변사를 합치고 비국(備局)을 정부의 한 부서로 만들었으며, 1868년 군국사무를 전담할 삼군부(三軍府)를 복설(復設)했다. 또한 훈련도감을 정비하여 실질적인 군영으로 재건했으며, 국왕의 친위병인 용호영(龍虎營)도 정비하여 병조판서가 통할하게 했다.

흥선대원군은 왕실의 권위를 과시하기 위해 경복궁 중건사업을 했으며, 그 비용을 충당하기 위해 전국 각지에서 거목(巨木)·거석(巨石)을 징발하는 한편 재원 마련을 위해 원납전(願納錢) 징수, 결두전(結頭錢) 부가, 성문세(城門稅) 부과, 당백전(當百錢) 주조 등을 했고 대전회통(大典會通)·양전편고(兩銓便攷)·육전조례(六典條例)를 편찬 간행하는 등 법전 및 운영규칙을 정비했다.

중앙집권체제를 강화하기 위해 종묘·종친부·6조 이하의 각 관서와 도성까지 수축했으며 서원 정리에 나서 1864년 8월 서원 보유 토지의 면세를 축소하고 소속 노비의 신분을 변정(辨正)하여 군포 수입을 늘렸으며, 이듬해 3월에는 만동묘(萬東廟)를 철폐했고 47개 서원만 남기고 모두 철폐했다. 서원의 철폐로 국가 재정은 확충되었으나, 지방 양반들과 유생들의 반발을 초래했다.

조세지의 확보를 위해 진전(陳田)이나 누세결(漏稅結)을 색출했으며,양전(量田)을 시행하여 새로운 양안(量案)을 만들고 수세결도 늘렸으며 전 주민에게 균일하게 세를 부과하는 호포제(戶布制)를 시행함으로써 상민은 부담액이 줄었고 신분적 평등의식도 고취됐다. 환곡의 운영방법을 개선하기 위해 일부 사창제(社倉制)를 도입하여 관리들의 간여를 금지하고 민간에게 운영을 맡겼다.

한편 향촌사회를 안정시키기 위해 토호의 무단(武斷)을 철저하게 탄압했으며, 궁방전(宮房田)도 세금을 내게 했다.

수령의 구임(久任)을 강조하는 한편, 수령에 대한 고과(考課)를 엄격히 하고 수령 재임시의 부정을 살피기 위해 해유문기(解由文記)의 작성도 철저하게 했으며 향리에 대한 통제도 강화하여 조세 횡령자에 대한 처벌을 강화하고, 근무연한에 따라 서리들을 입역(立役)하게 했다.