인조는 친명정책을 추진하면서 생겨난 전란의 위협에 대처하기 위해 1623년 호위청(扈衛廳)을 신설하고 1624년에는 어영군(御營軍)을 창설했으며 이해 6월에는 기존의 경기군(京畿軍)을 정비·강화하여 총융군(摠戎軍)으로 재편하고 방어의 거점으로 남한산성을 수축하고 강화도의 군사력을 정비하는 한편 군역 자원과 재정의 확보를 목적으로 호패청(號牌廳)을 설치하고 호패법을 시행했다.

남한산성의 수비강화를 위해 수어청(守禦廳)을 신설하고 어영청과 훈련도감의 인원을 증강하여 조선 후기 5군영 체제의 기초를 마련했다.

 광해군 때 경기도에 시험적으로 실시했던 요역과 공물(供物)의 전세화(田稅化) 조치인 대동법을 이원익의 건의로 1623년 실시했다. 애초 강원도·전라도·충청도 등 3도에 시행하기로 했으나 1626년에 강원도에만 실시했다.

1634년에는 삼남(三南)에 양전을 실시하여 전결(田結) 수를 증가시킴으로써 세원(稅源)을 확대했다. 이와 함께 세종 때 제정되었던 연등구분의 전세법(田稅法)을 폐지하고 전세의 법적인 감하(減下)를 주된 내용으로 하는 영정법(永定法)과 군역의 세납화(稅納化)를 실시했다.

 1633년 김육의 주장에 따라 상평청(常平廳)을 설치하여 상평통보(常平通寶)를 주조하고 그 유통을 시험했으며 화폐 유통의 기초를 이루었다. 청인과의 민간무역을 공인하여 1637년 북관(北關)의 회령(會寧) 및 경원개시(慶源開市), 1647년 압록강의 중강개시(中江開市)가 행해졌다. 개시에는 상고(商賈)의 수, 개시기간, 유왕일수(留往日數), 매매총수(買賣總數) 등을 미리 결정하도록 했다. 또한 1641년에는 군량조달을 위해 납속사목(納粟事目)을 발표하고, 납속자에 대한 서얼허통(庶孽許通) 및 속죄(贖罪)를 실시했다.