1589년(선조 22) 정여립 모반사건을 계기로 서인은 동인을 배제하고 정권을 잡는 데 성공했다.
이 사건에는 동인 중 일부 급진 세력이 관련되었지만, 서인에 대한 동인의 감정을 자극하여, 2년 뒤인 1591년(선조 24)에 동인은 서인 정철이 세자 책봉을 왕에게 건의한 사실을 문제 삼아 정철 일파를 내몰았다.
선조가 동인의 편을 들어주면서 동인은 세력을 회복하게 되고, 정철의 처벌 문제로 인해 강경파(급진파)인 이산해 중심의 조식·서경덕계인 북인(北人)과 온건파인 류성룡 중심의 이황계인 남인(南人)으로 갈라졌다. 기축옥사 때 피해를 입은 세력이 조식·서경덕계였으므로 서인에 대한 반감이 컸다.
도요토미 히데요시가 일본을 통일하고 조선을 침략할 기미를 보이자 조선은 일본에 사절단을 파견했으나, 당시 조선은 일본이 침략할 가능성이 있는지 없는지를 놓고 소모적인 정쟁을 벌이기도 했다.정철 일파의 실각으로 동인 특히 북인이 우세한 가운데 임진왜란이 일어나자 혼란한 가운데 정권을 잡은 남인은 일시적으로 서인과 북인과의 공존 체제를 취했다.
일본과의 화의 계획이 실패하면서 강경책을 취했던 북인이 득세하고, 북인이 다시 광조를 내세운 대북(大北)과 영창대군을 내세운 소북(小北)으로 분열되어 광조 즉위와 함께 대북이 정권을 잡았다. 서인과 남인에 비해 학문적 기반이 부족했던 대북은 왕권 중심의 강력한 정치를 지향하고 다른 당파의 배제를 꾀했다.
북인의 탄압을 받던 남인과 서인이 연합하여 1623년 인조반정을 일으키면서 이후 북인은 정계에서 숙청되어 흥선헌의대원왕 집권 이전까지 정계에서 배제되었다. 정권을 잡은 서인은 형식적으로 남인과 연합 정국을 구성했으나, 효종이 즉위하면서 북벌론을 국시(國是)로 하면서 성리학의 대의에 충실한 서인의 입지는 더욱 커져 갔다.
숙종 대에 이르러 상호 비판을 전제로 100년 가까이 공존하던 서인과 남인의 대립은 점점 격화되기 시작하였다. 경신환국, 기사환국, 갑술환국 세 차례에 걸친 환국의 와중에 남인과 서인은 서로를 숙청하고 정치적으로 제거하는 데 온 힘을 쏟았다.붕당의 변질을 가져온 두 가지 문제가 예송과 환국이다.
예송은 상복을 입는 기간에 관한 문제로, 효종과 효종의 비인 인선왕후가 승하했을 때, 효종의 모친이자 선왕 인조의 계비였던 자의대비(장렬왕후)가 상복을 입는 기간에 관한 논쟁이다. 이 논쟁이 발생한 까닭은 인조와 그의 제 1비였던 인열왕후의 첫째 아들인 소현세자가 왕이 되지 못하고 병사하여 소현세자의 아들이 왕이 되어야 했으나, 둘째 아들이었던 봉림대군이 효종으로 즉위하여 왕이 되었기 때문이다.
1차 예송에서 효종이 죽었을 때, 서인은 효종이 둘째 아들이라는 데에 착안하여 1년 상을 주장하였고, 남인은 왕이라는 데에 착안하여 3년 상을 주장하였다. 결국 서인이 승리하여 1년 상을 하는 것이로 하였다. 2차 예송에서 인선왕후가 죽었을 때, 서인은 효종이 차자이므로 조대비(자의대비)가 9개월간 상복을 입어야 한다고 했고, 남인은 효종을 장자로 인정하여 1년간 입어야 한다고 했다. 남인이 승리하여 서인은 정계에서 축출됐다.
경신년 허적의 집에서 있었던 연시연을 계기로, 서인은 경신환국을 통해 정권을 장악하여 인현왕후 민씨를 숙종의 계비로 들이는 등 권력을 장악했다. 기사환국이 일어나 남인이 다시 집권하여 당시 남인이 들였던 후궁인 희빈 장씨가 숙종의 총애를 받아 중전이 되고, 서인 세력이었던 인현왕후는 폐비됐다.
실각한 서인은 이 과정에서 송시열을 중심으로 한 노론(老論)과 윤증·박세채를 중심으로 한 소론(少論)으로 나뉘었다. 노론과 소론은 경술환국을 통해 복권하면서 남인을 완전히 제거하였고, 희빈 장씨는 사약을 받고 인현왕후가 복귀되었으나 곧 병사했다. 이후 노론과 소론의 대립이 영조 즉위 때까지 이어졌다.
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북인 남인 노론 소론
