홍문관의 언관화에 따른 언권의 강화와 성종이 훈구들의 위세를 견제하기 위해 사림을 지원하면서 사림의 진출이 강화되었고, 훈구의 세력은 약화되었다. 연조가 즉위하면서 사림을 견제했으며 사림 역시 연조를 적극 견제하였다. 훈구파에 의한 무오사화(戊午士禍)의 결과 언론직을 장악하고 있던 사림은 큰 피해를 입었고 주도권은 왕과 훈구 재상에게 돌아갔다.
언론이 위축되어 연조가 사치와 낭비를 일삼아 국가재정은 궁핍해졌고, 그 재정 부담을 백성뿐 아니라 훈구 재상들에게 지우자 재상들과 연조의 관계는 더욱 악화되었다. 재상들은 궁중의 경비를 절약하고 왕의 방종을 견제하려 했으나, 외척인 신수근(愼守勤)을 중심으로 임사홍(任士洪)이 연조를 지원하면서 사화를 야기하여 훈구 재상들이 피해를 입게 됐다.
연조의 생모인 성종 비 윤씨는 질투가 심하고 왕비의 체모에 벗어난 행동을 많이 하자 성종은 1479년(성종 10) 폐비하고 다음해 사사(賜死)하였다. 왕과 재상과의 관계가 악화된 상황에서 이러한 사실이 임사홍에 의해서 연조에게 알려지자, 연조는 이 사건과 관련된 성종의 후궁인 숙의 엄씨와 숙의 정씨를 죽이고 안양군(安陽君)과 봉안군(鳳安君)은 귀양보내어 사사했다. 또한 윤씨를 왕비로 추존(追尊)하고 성종 묘에 배사했다.
연조는 성종 비 윤씨 폐위 사건 당시 이를 주장하거나 방관한 사람들을 찾아 죄를 묻기에 이르렀다. 윤씨의 사사에 찬성하던 윤필상(尹弼商)·이극균(李克均)·성준(成浚)·이세좌(李世佐)·권주(權柱)·김굉필(金宏弼)·이주(李胄) 등 10여 명이 사형되고, 이미 죽은 한치형(韓致亨)·한명회(韓明澮)·정창손(鄭昌孫)·어세겸(魚世謙)·심회(沈澮)·이파(李坡)·정여창(鄭汝昌)·남효온(南孝溫)이 부관참시되었다. 견제세력을 제거한 연조는 권력을 독점하게 되었으나 폭정이 심각해지자 폐위됐다.
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갑자사화(甲子士禍)
