선조는 주자학을 장려하고 사림을 널리 등용했으며, 스스로 학문에 힘써 강연(講筵)에서 이황·이이·성혼 등 대유학자들과 경사(經史)를 토론했다.
유교사상 확립을 위해 명유들의 저술과 경서의 간행에 힘써 1575년 주자대전의 교정본을 간행하고 1585년에는 교정청(校正廳)을 설치해 경서의 훈해(訓解)를 교정하게 했다. 1588년 사서삼경의 음석언해(音釋諺解)를 완성하고 소학언해를 간행했다.
1583년 니탕개(尼蕩介)를 중심으로 회령지방에 살던 여진족이 반란을 일으켜 경원부(慶源府)가 함락되자, 경기감사 정언신(鄭彦信)을 도순찰사로 하여 군대를 출동시켜 이를 진압했다. 1587년 니응개(尼應介)가 이끄는 여진족이 대거 침입하자 조산만호(造山萬戶) 이순신(李舜臣)과 경흥부사 이경록(李景祿)이 이를 격퇴했으며, 이듬해 북병사(北兵使) 이일(李鎰)을 시켜 두만강 건너에 있는 여진족 근거지를 소탕했다.
선조는 1590년 황윤길(黃允吉)을 파견했으며 도요토미 히데요시가 많은 병선(兵船)을 준비하고 있어 멀지 않아 병화(兵禍)가 있을 것이라고 보고하여 경상도·전라도 연안의 여러 성을 수축하고 각 진영(鎭營)의 무기를 정비하는 등 대비책을 마련했다.
1592년 4월 13일 일본군이 부산포에 상륙,북진해오자 의주까지 퇴각한 선조는 광해군(光海君)에게 분조(分朝)를 설치하게 하는 한편, 명나라에 구원병 파견을 요청했고 명나라는 12월 4만 5천명의 군대를 파견했다.
이순신·권율(權慄) 등이 이끄는 관군이 일본군과 싸워 승리를 거두고, 전국 각지에서 의병이 봉기하여 일본군을 격퇴했다. 1594년 훈련도감을 설치하고 조총과 탄환을 만드는 기술을 배우도록 했다.
1597년 일본은 명과 진행되던 강화회담이 깨지자 다시 침입했으나, 이순신이 이끄는 조선 수군의 승전으로 7년에 걸친 전쟁은 끝났다.전쟁으로 소실된 토지대장을 재정비하기 위해 1601년과 1603년에 어사를 파견해 전국적으로 양전(量田)을 실시했다.
각 궁방(宮房)의 경제적 토대를 마련해주기 위해 왕자·옹주 23명에게 예빈시(禮賓寺)에 소속되었던 어전(漁箭)·염분(鹽盆)·시전(柴田)을 획급했는데, 이후 궁방전의 시초가 되었다. 1604년 호성(扈聖)·선무(宣武)·정난(靖難) 공신 등을 녹훈함으로써 전쟁 중에 공을 세운 사람들을 표창했다.
유정(惟政)을 일본에 보내 도쿠가와 이에야스와 강화를 맺었으며, 왜관(倭館)을 열어 개시(開市)하는 것을 허락하고 포로로 잡혀가 있던 사람들을 데리고 오게 했다.
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주자학을 장려하고 사림을 널리 등용한 선조
